Τα κυριότερα θηλαστικά της Κερκυραϊκής υπαίθρου είναι αλεπούδες, λαγοί, πετροκούναβα, νυφίτσες, σκαντζόχοιροι, μαύροι ποντικοί, σπιτοποντικοί και πολλοί ασπάλακες (τυφλοπόντικες).
Μέχρι πριν λίγα χρόνια στην Κέρκυρα ζούσαν υγιείς πληθυσμοί από τσακάλια, τα οποία πλέον μάλλον έχουν εκλείψει.
Η Κέρκυρα είναι από τα λίγα νησιά της χώρας μας που απαντώνται βίδρες, ενώ τα τελευταία χρόνια έχουν εγκλιματιστεί
και οι επιγενείς μυοκάστορες. Η βίδρα είναι ένα θηλαστικό που έχει προσαρμοστεί στην υδρόβια ζωή, μήκους 65 - 100 εκατοστών, δίχως να υπολογιστεί η ουρά του που μπορεί να φτάσει το μήκος των 50 εκατοστών. Οι περιοχές που έχουν εντοπιστεί βίδρες τα τελευταία χρόνια είναι οι λιμνοθάλασσες Αντινιώτη, Χαλικιοπούλου, Κορισσίων, οι Αλυκές Λευκίμμης, οι υγρότοποι του Δήμου Κασσιωπαίων, ο ποταμός Τυφλός με τους παραποτάμους του, ο ποταμός της Πόλης, το ποτάμι της Μεσογγής, το ποτάμι της Λευκίμμης, ο Ρόππας ποταμός και ο Στραβοπόταμος.
Στο νησί ζούνε και πολλά είδη από νυχτερίδες, όπως ο τρανορινόλοφος (Rhinolophus ferrumequinum), ο μικρορινόλοφος (Rhinolophus hipposideros), η μικρομυωτίδα (Myotis blythii), η τρανομυωτίδα (Myotis myotis), η μυωτίδα του Μπέχστεϊν (Myotis bechsteinii), η πυρρομυωτίδα (Myotis emarginatus), η μυωτίδα του Νάτερερ (Myotis nattereri), η μουστακονυχτερίδα (Myotis mystacinus), η λευκονυχτερίδα (Pipistrellus kuhlii), η πτερυγονυχτερίδα (Miniopterus schreibersii) και η τρανονυχτερίδα (Eptesicus serotinus).